L'actual C.F. Canonja fou registrat oficialment a la Federació Catalana de Futbol el 13 de febrer de 1968. El primer president de la nova etapa fou Rodolf Rull Tibau. Es construí un nou camp de futbol a l'actual emplaçament del Col·legi Públic, a l'Avda. Carrasco i Formiguera, però uns anys més tard es canvià de lloc i s'emplaçà, amb més comoditat, dins dels mateixos terrenys municipals del centre escolar però una mica més amunt, en direcció cap a Bonavista. L'última remodelació important del camp d'esports municipal -per un valor de 35 milions- s'inaugurà durant la celebració del XVè Torneig de Futbol Base que organitzà l'Escola Futbol Base Sant Sebastià de la Canonja durant l'abril de 1995. L'equip assolí la Primera Categoria Regional el 1993 i actualment (1.998) es troba a la categoria de Segona Territorial-G1. Disposa d'una plantilla de 23 jugadors entrenats actualment per Ferran Mañé Bofarull. El seu president és Francesc Estellé Ros.
Actualmente (2008), el camp es de gespa artificial, se va inagura el any 2007.